La grande richesse des collections tient à leur diversité : archéologie, histoire naturelle, ethnologie, beaux-arts, arts contemporain et cinéma d'animation croisent leurs apports et leurs interrogations.
Avant 1860, des collections commencent à être rassemblées par l’Académie Florimontane. Religieux, notables, érudits, ils collectent des « antiques », des sceaux et des monnaies, quelques pièces ornithologiques pour constituer un embryon de musée dans la même démarche que celle qui consiste à acquérir des ouvrages pour enrichir la bibliothèque publique.
Le musée expose la diversité du monde
A partir de 1860, la vocation scientifique et encyclopédique du musée d’Annecy s’affirme. On tente d’y rassembler des échantillons de tout l’univers ; le monde minéral, végétal, animal, qu’il soit exotique ou local, y est représenté le plus exhaustivement possible. Dans ce vaste panorama, les échantillons savoyards ont leur place. L’archéologie locale apporte sa contribution aux avancées générales de cette science de l’homme (fouilles subaquatiques…) en cours de constitution, et les collections du musée, issues de fouilles sur le territoire annecien ou savoyard, en sont le reflet.
La Haute-Savoie étant un pays d’émigration, le musée s’enrichit également des envois divers faits par les savoyards (missionnaires, ingénieurs, aventuriers) implantés dans le reste du monde, et soucieux de faire partager à leurs concitoyens restés sur place, leurs découvertes.
Le musée d’Annecy au XIXe siècle, pour autant qu’il veuille englober le monde, n’est pas celui du passé, mais s’intéresse aussi à son présent : inscrit dans son époque, mu par l’idéal positiviste du XIXe siècle, qui croit dans le progrès scientifique et technique, il s’applique à rassembler les témoins contemporains de ses industries. Tourné vers les expositions industrielles, le musée le sera aussi vers la capitale française, Paris, pour enrichir ses collections de Beaux arts. Le musée donne à voir la globalité du monde aux Annéciens et aux Hauts-savoyards. Et parce que la Haute-Savoie est un des territoires d’élection des premiers touristes, le musée réserve à ceux-ci une salle savoyarde.
L’heure est à l’école de la troisième République : le musée se veut un instrument complémentaire de pédagogie et une partie de la collection est constituée dans le seul objectif de cette mission.
Le musée construit une image savoyarde
Avec les années 1930, une véritable politique de collection de beaux arts se met en place avec le conservateur, lui même artiste peintre, qui pose un vrai regard d’historien d’art sur la collection et contribue à de nombreuses acquisitions de choix. Un débat traverse alors le musée : faut-il enrichir les collections avec des œuvres d’artistes réputés à l’échelle nationale ou privilégier la peinture locale ? La période est ambiguë, comme le reflète la création d’un musée « savoyard » au Palais de l’Ile, qui semble privilégier les figures d’une « tradition » rurale alors plutôt figée.
Le musée, acteur culturel dans la cité
Dans les années soixante, le musée est un acteur culturel dans la cité. Il implique le citoyen dans la réflexion sur son devenir, remet en question le rôle central de l’objet, multiplie les rythmes et les thèmes de ses présentations, invite des artistes qui auront bientôt une réputation nationale, voire internationale. Le musée s’implique dans la vie culturelle locale, et participe au vaste courant de démocratisation et de diffusion des idées.
Le musée en mouvement
La restauration progressive des espaces du château s’accompagne de la redécouverte et de la présentation de la diversité des collections. Dans plusieurs domaines (beaux-arts, ethnologie, archéologie, sciences naturelles…), celle-ci s’attache à nouveau aux spécificités régionales, mais dans un mouvement de connaissance et d’ancrage, non plus de repli. Dans cette démarche de connaissance, l’enquête vient prendre place au côté des objets. Les collections s’ouvrent sur de nouveaux domaines : cinéma d’animation, art contemporain.
Cependant, espace et collections ne permettent pas de considérer le musée dans sa globalité, c’est pourquoi trois albums photos mettent en avant l’action des hommes au sein de l’institution. L'album "Au fil du temps… la salle des colonnes" met l’accent sur la scénographie, "La cour du château, un espace insolite" présente les idées originales qui ont animé cet espace et "Le Musée-Château, un musée vivant" met en valeur le travail de médiation. Le musée est donc fait de collections, de lieux et d’hommes et parmi eux, les visiteurs.
Le musée pluridisciplinaire et ouvert sur la ville est aujourd'hui comme hier un des acteurs clé de l’action culturelle sur le territoire.