La collection de cinéma d'animation conservée par les musées d'Annecy, est étroitement liée aux Journées Internationales du Cinéma d'Animation qui s'implantèrent à Annecy en 1960 à l'occasion du centenaire du rattachement de la Savoie à la France.
Tout commence par la première édition des Journées Internationales du Cinéma d’Animation en 1956 durant le Festival de Cannes.
Les cinéastes de 25 pays participant au festival remirent à l’Association Française pour la Diffusion du Cinéma (AFDC) des documents originaux ayant servi à la réalisation de leurs films ; l’AFDC organisa une exposition de ces documents au Palais Miramar, sur la Croisette. Le succès de cet événement incita les organisateurs à élaborer un projet de "Musée de l’Animation" qu’ils proposèrent à Annecy lors de l’implantation des Journées internationales du cinéma d'animation (JICA).
Depuis 2003, les collections de cinéma d'animation du Musée-Château d'Annecy bénéficient de l’appellation Musée de France.
Cet ensemble patrimonial unique bénéficie depuis 2005 d’un espace permanent d’exposition : le Musée du film d’animation, situé au Conservatoire d'art et d'histoire du département de Haute-Savoie.
La collection du cinéma d’animation se compose de documents et d’objets tels que des dessins, des peintures, des sculptures, des photographies, des marionnettes, des jouets d'optique, des appareils cinématographiques et des affiches.