À Annecy depuis la fin du XIIIe siècle, au carrefour des rues Notre Dame, Carnot, Royale et du Pâquier était un puits situé devant l'entrée principale de l'église du couvent de l'ordre de Saint Jean de Jérusalem d'où le nom de « puits Saint-Jean ».

Cette place avec son puits est alors un lieu stratégique pour la population : on y fait des proclamations officielles, des manifestations religieuses et c'est un passage obligé à l'occasion des entrées princières.

En 1689, le puits est reconstruit à neuf avec une toiture tenue par des colonnettes. Sur le pourtour du bandeau supérieur est gravé le nom des syndics de la ville et la phrase suivante « L'amour ardent de la cité a procuré aux Titiens (Annéciens) des eaux fraîches. Calendes d'avril 1689 ».

À la Révolution française, l'église et son couvent disparaissent. Le puits, quant à lui, après avoir été conservé, supprimé puis rétabli, est définitivement abandonné et comblé en 1805. Les pierres de la margelle sont alors vendues et transportées pour être remontées dans la propriété de l'avocat Fernex au Clos Berthet à Sevrier.

En 1975, la ville d'Annecy vote l'implantation de zones piétonnes dans le centre de la ville. En 1976, la première tranche de cette zone s'organise suivant un schéma en croix autour du « puits Saint-Jean » :  le fameux puits est alors réinstallé à son emplacement actuel, qui toutefois n'est pas tout à fait l'emplacement originel.

Il ne reste du "puits" que le nom puisqu’il n'est désormais qu'une simple fontaine.

Source : Les rues d'Annecy, tome 3 ANNESCI 44, Annecy en 100 dates de Julien Coppier.