Le 21 mars 1793, les sœurs de la Visitation sont expulsées de leur couvent.

L'église du premier monastère va subir de gros dommages.

Après avoir été vendue comme bien national, elle passe entre les mains de plusieurs propriétaires dont le genevois Samuel Fazy qui en fait une fabrique d'indiennes. Elle sert également de dépôt de fer-blanc provenant de la démolition des cloches, de dépôt de charbon, etc. La façade va perdre son perron et sera creusée de multiples fenêtres. Devenu méconnaissable, l'intérieur de l'église est divisé en trois étages, eux-mêmes découpés en plusieurs appartements. L'ancien portail est remplacé par une porte de boulangerie et, sur la gauche, s'ouvre l'entrée d'un hôtel.

En 1888, à l'initiative du grand vicaire de Quincy, la Société civile de l'ancienne église de la Visitation est créée et rachète l'édifice. Sa rénovation commence en 1889. Une messe peut enfin être célébrée par le chanoine de Quincy qui décède en 1889 et ne verra pas l'achèvement des travaux. Avant d'être rendue au culte, l'église rénovée a servi pour les réunions et les conférences. Devenue église Saint-François, c'est en 1923 que monseigneur de Villerabel la confie à l'Œuvre missionnaire des Italiens à l'étranger.

Elle est, depuis cette date, appelée par les Annéciens église des Italiens.

Source : Annecy, Tome II, mémoire et images d'Isabelle et Christian Bouvier, éditions Alan Sutton.