L'architecture religieuse entre Réforme et catholicisme

A partir de la fin du 15^e siècle, les Genevois et leur évêque se soucient de se créer des alliances avec les cantons suisses pour lutter contre les ambitions trop marquées de la Maison de Savoie. Depuis Amédée VIII (1416-1440), les évêques de Genève se choisissent même parmi la famille de Savoie si bien qu'elle a une certaine main mise sur la ville. Au cœur des enjeux de l'époque, il y a la souveraine sur Genève. Cette place commerciale est effectivement idéalement placée à la jonction d'axes de circulation européens et convoitée à la fois par Le duché de Savoie, les Bernois et les Fribourgeois.

Dans ce contexte, la question religieuse donne l'occasion aux Genevois d'affirmer définitivement leur liberté. Après l'Allemagne où Luther avait prêché la réforme de l’Église catholique, le protestantisme gagne les cantons suisses. Les années 1520 voient à Genève, l'arrivée du protestantisme se voulant une réponse efficace aux abus du clergé catholique. Un conflit religieux débute servant de prétexte à des conflits politiques. La maison de Savoie s'affiche d'emblée hostile aux protestants qu'elle pourchasse dans ses états. Les Eidguenots, terme francisé signifiant « confédérés », partisans d'une alliance avec les cantons suisses pour combattre les ambitions de la maison de Savoie sur Genève, dépossèdent l'évêché de ses droits, si bien qu'en 1533, l'évêque Pierre de la Baume doit s'enfuir de sa cité. Annecy deviendra progressivement le siège de l'évêché de Genève. Avec l'évêque, les religieux et religieuses de la cité épiscopale gagnent Annecy.